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0.系统及配置选择

系统使用的是ESXI，版本:7.0 Update 3

cpu 主板 内存 显卡 主硬盘 机箱 系统
qn8j 豆希b365 16g* 2 Tesla p4 1tSSD 6盘位itx ESXI 7U3

1.系统安装

官网、镜像站下载iso镜像并写入u盘，为了节约盘位，我将系统安装至另外一个u盘上， 从安装（20230609）至今（20230907）除断电外，均稳定运行。

2.ESXI系统配置

ESXI中，我安装了Ubuntu22.04、win10、黑群晖。
其中Ubuntu分配了6个个cpu核心8gb内存，以及sata直通，Ubuntu被用作为主要的nas系统，win10直通了tesla p4来跑ai图（好久没跑过了）、黑群晖主要是体验一下群辉系统

3.Ubuntu配置

安装好Ubuntu操作系统后，首先应该修改各种镜像

3.1docker镜像修改为国内镜像站

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sudo vi /etc/docker/daemon.json

再写入以下内容

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{
   "registry-mirrors": ["http://hub-mirror.c.163.com"]
}

3.2 ubunu的apt 命令改为国内镜像

备份原始的源列表文件

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sudo cp /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources.list.bak

编辑 sources.list 文件

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sudo vi /etc/apt/sources.list

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docker run -d --name shinyapp -p 3838:3838 \
  -v /docker/shinyapp/:/srv/shiny-server/ \
  -v /docker/shinyapp/shinylog/:/var/log/shiny-server/ \
  rocker/shiny-verse

1.上述为在docker中安装shinyapp的教程

2.接下来使用docker ps 列出shinyapp的ID

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docker ps
9cc2d5672e4f   rocker/shiny-verse              "/init"                   6 minutes ago    Up 6 minutes                 0.0.0.0:3838->3838/tcp, :::3838->3838/tcp

3.进入shinyapp并添加veen图的包

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sudo docker exec -it f99b6668fa90 bash
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sudo docker exec -it f99b6668fa90 bash
R
options(repos = c(CRAN = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
install.packages("VennDiagram")
install.packages("grid")
install.packages("ggsci")
install.packages("plotly")
##########
install.packages("shiny")
install.packages("shinydashboard")
install.packages("ggplot2")
install.packages("stringr")
install.packages("tidyr")
install.packages("shinythemes")
install.packages("BiocManager")
library(BiocManager)
BiocManager::install("clusterProfiler")
BiocManager::install("DESeq2")

###########install.packages("plotly")########
install.packages(c("ggplot2", "ggthemes", "scales", "viridis"))
install.packages("devtools")
devtools::install_github("ropensci/plotly")
install.packages("devtools", type = "win.binary")  #win install

#安装R包
q()
exit
docker restart <container-id>

3.5 rocker/shinyapp的R包的安装

首先，更改为镜像站

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options(repos = c(CRAN = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))

3.5.1  shinydashboard

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install.packages("shinydashboard")

3.5.2 DESeq2

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install.packages("BiocManager")
library(BiocManager)
BiocManager::install("DESeq2")

4.添加veen图的包

vi /docker/shinyapp/veen.R

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library(shiny)
library(VennDiagram)

ui <- fluidPage(
  titlePanel("Venn Diagram Maker"),

  sidebarLayout(
    sidebarPanel(
      numericInput("A", "Set A:", value = 10, min = 0),
      numericInput("B", "Set B:", value = 10, min = 0),
      numericInput("C", "Intersection:", value = 5, min = 0)
    ),

    mainPanel(plotOutput("vennPlot"))
  )
)

server <- function(input, output) {
  output$vennPlot <- renderPlot({
    venn.plot <- draw.pairwise.venn(
      area1 = input$A,
      area2 = input$B,
      cross.area = input$C,
      category = c("Set A", "Set B"),
      fill = c("red", "blue")
    )

    grid.draw(venn.plot)
  })
}

shinyApp(ui = ui, server = server)

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1.安装gffread：

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conda install -c bioconda gffread

2.gff转gtf

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gffread gencode.v19.annotation.gff3 -T -o gencode.v19.gtf

3.gtf转gff

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gffread gencode.vM13.annotation.gtf -o gencode.vM13.annotation.gff3

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1.安装相关依赖

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sudo apt-get install libfreetype6-dev libpng-dev libtiff5-dev libjpeg-dev libharfbuzz-dev libfribidi-dev libgtk-3-dev fontconfig ibxml2-dev libcurl4-openssl-dev libssl-dev libgmp3-dev libxml2-dev

2.安装R中的依赖

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install.packages(c("ggplot2", "dplyr", "tidyr", "readr", "purrr", "tibble", "stringr", "forcats", "lubridate", "data.table"))

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我的CUDA版本是11.4

使用pip命令安装，使用镜像站加速）（-i）

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pip3 install torch torchvision torchaudio -f https://download.pytorch.org/whl/cu114/torch_stable.html -i https://mirrors.ustc.edu.cn/pypi/web/simple/

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